我国的有机农业始于20世纪80年代，是在生态农业基础上发展起来的。当前我国有机农业在生产、市场和认证方面都取得了很大的进步,不仅仅丰富了人民群众的食品消费选择、食品安全系数、也提高了我国农业产品在世界上的竞争能力。
生态农业作物的有机质的含量越高，土壤的物理性状和化学性状也就越好。虽然有机质仅占土壤总量的很小一部分，但是它在土壤肥力营养成分上起着多方面的决定作用。通常在其它条件相同或相近的情况下，一定含量范围内，有机质的含量与土壤肥力营养成分水平息息相关；我国生态农业的发展不仅是对长期传统农业生产实践的一个新的替代,也是一种新型农业生态的、有机的演进。土壤有机质含量是衡量农作物和果园土壤肥力的一个重要指标，也是生产无公害粮食、果品、菜蔬的基本条件和因素。
农作物在土壤里对肥力消耗养分的过程，产量越高对土壤养分的消耗量也越大，即消耗的有机质就越多。因此，必须进行土壤生息保养，使土壤营养成分达到一个相对平衡的状态，维持土壤肥力活性与持续性。
1、腐叶归根归土
在果蔬种植业中，果树叶含有大量粗纤维和矿物质营养元素，但果树落叶中又含有大量的病虫源，不能直接覆盖或埋在树下，必须将枯枝落叶清园集中起来，好好利用制成堆肥。经堆腐自然发酵产生高温杀菌后，再回施到果园中。因落叶中含有作物在一年生长期内累积下来的营养元素，将落叶进行发酵堆肥，既清除落叶中的病菌、虫卵，又可以为作物提供下一年生长期内，叶片生长所需要的营养元素成分，维持土壤营养平衡，改善土壤团粒结构，减少果蔬施肥用量。
另外还有农作物的残体、农产品生产后下脚料废弃物，也可以经过发酵处理之后返回土壤，为土壤补充有机质和营养元素成分。
2、秸秆还田归土
小麦、水稻、甘蔗、黄豆、油菜收获后剩余的秸秆、叶、壳，也是通过堆制沤肥返回土壤的一个重要的原材料，可以直接覆盖在水稻田或小麦田中，投入有益微生物菌剂促进分解，既减少运输秸秆的劳力和费用，也能变废为宝改善土壤团粒结构，减少施用肥量。
将秸秆覆盖在果园或菜地土壤表面，完全将土壤与果蔬作物隔绝开，减少土传病菌对农作物的影响，同时减少杂草的萌生，减少土壤水分蒸发量，而达到保湿防旱的目的。秸秆分解后也会为增加土壤有机质含量发挥出重要的作用。
3、种植绿肥还田归土
通过在果园行间或冬季闲置稻田种植绿肥作物，如苜蓿草、紫云英、草木樨、紫穗槐 等，绿肥草的根系会深入土壤中，吸收土壤表层多余的养分并通过光合作用转化储存在体内，在绿肥生长至一定高度结束一个生长期后，割除掩埋绿肥后，绿肥草根系死亡，在土壤有益微生物的分解作用下形成有机质，疏松土壤增加土壤肥效。
4、增施发酵堆肥
增施充分腐熟的堆肥是快速提高土壤有机质含量的一个途径，如牛羊粪厩肥等，充分腐熟的堆肥里有机质的含量在30%-40%，直接为土壤补充粗纤维及碳水有机质。并且堆肥在土壤有益微生物的作用下也会持续分解产生更多的有机质，缓性释放养分。
5、补充土壤有益微生物
因为土壤在长时间施用化学肥料、除草剂和农药的环境下，导致土壤团粒结构改变板结，透气性差有益微生物含量越来越少，PH值平衡破坏，使得土壤中尽管有很多残留的有机物，但是无法转化为可以被农作物吸收的恶性形态，因此，土壤中的有益微生物急需补充，有益的微生物如固氮菌、硝化细菌和腐生细菌 等。当土壤中增加的有益微生物以及土壤酶后，不仅可以持续分解土壤中残留的粗纤维和碳水有机物质，也可以平衡土壤生态系统中的微生物菌种群，改善土壤团粒结构，培育健康活力的土壤，这是导致微生物代谢方式和生理功能多样化的直接原因。
