通常球虫卵囊随粪便排出后，在一定条件下需1～3 天才能发育成有感染性的抱子卵囊，因此，鸡场中的粪便要在当天或次日打扫清除，并运到远处进行堆积发酵处理，利用发酵产生的热和氨气杀死卵囊，防止饲料和饮水被污染。
要坚持幼鸡与成鸡分开饲养。另外，对于不同批次的雏鸡也要严禁混养，最好实行全进全出制以切断传染源。在饲养期间，每天注意雏鸡吃食、饮水、精神、排便等情况，有病及时隔离治疗，或淘汰病重且不能治愈者。
初期往往看不到血粪，等到大量的血粪出现时，病情已经严重。因此，在血粪出现之前，能判断球虫病即将发生就显得特别重要。球虫病出现的前一二天采食量明显增多。一部分鸡排的粪便水分偏多，少量鸡伴有巧克力色的粪便。脱落的羽毛比正常多，出现这些现象时就要开始用药。
