1.鳄鱼的细菌性疾病。
如气单胞菌属、沙门氏菌、分枝杆菌、枸橼酸菌和其它革兰氏阴性菌等引起的细菌性疾病。
2.病毒性疾病。
如痘病毒样病毒病、疱疹病毒病和传染性肝炎等病毒性疾病。
3.真菌病（肤霉病等）。
由于鳄鱼长期生活在有水的环境中，因而当养殖水体或其它场所消毒不严时，常使水中有多种细菌或真菌滋生，致使鳄鱼感染疾病。本病是由水霉、绵霉和腐霉科中的腐霉寄生于鳄所引起的一种真菌性皮肤病。
4.寄生虫病。
如球虫病、舌形虫病、蠕虫病、蛭病等，这是由于寄生虫寄生于鱼体中产生的疾病。
5.痛风症。
由于投喂饲料蛋白质过量，机体对蛋白质的消化吸收障碍，引起尿酸盐在体内沉积而发生的疾病叫痛风症，这是由于给鳄鱼投喂含有氨基酸的高蛋白质饲料过多，如动物心脏、肝脏、胰脏等内脏食物过多而引起。因为投喂的蛋白质超过了动物利用消化吸收制造氨基酸的能力和合成自身蛋白质的需要而导致过量的不溶性的排泄物、铵盐和尿酸盐沉积。
6.与营养物质缺乏相关的疾病。
如营养缺乏综合症、维生素A缺乏症、维生素E缺乏症、维生素D缺乏症、维生素K缺乏症、维生素B，缺乏症、骨软症等。
7.消化不良症。
其病因是投喂了冰冻的饲料或腐败变质的饲料;或因温度过低，致使胃肠功能紊乱;或冬眠后苏醒不久的鳄，胃肠功能差等原因引起。
8.鳄鱼异物性胃炎。
误吞入各种异物，如小石块、塑胶制品、树叶、木条等;在剖检时常可发现的异物有塑胶制品、金属、木条等，这些异物引起幽门阻塞，胃壁损伤而发生炎症，治疗时宜通胃肠，消炎。
9.冻伤。
由于鳄的体温高低随外界气候温度的变化而变化，当温度下降到鳄不能承受的临界温度以下时，就会发生冻伤。温度越低，越潮湿，受冻时间越长，造成的冻伤也越严重，若不及时发现并采取相应措施，最后会被冻死以及继发感染性疾病死亡。
10.外伤和环境性疾病
外伤：主要见于鳄相互争斗而造成的身体局部损伤。交配和采食时会发生争斗，分隔开喂食，减少种群所允许的动物数量，能很好的避免同一群鳄鱼间的争斗。
环境性疾病：如环境适应不良综合症，即鳄鱼不能适应人工饲养环境。表现为嗜睡、厌食，最后导致死亡。增加环境温度可以增加食欲，增加阳光照射也能增加食欲。
