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缺点一：含有抗营养因子
如最主要的三种抗营养因子：即胰蛋白酶抑制素、致甲状腺肿素、凝血素，其中胰蛋白酶抑制因子，它能阻碍猪体内胰蛋白酶对豆类蛋白质的消化吸收，造成腹泻，影响生长。所以，过去传统的养殖户，往往需要将豆渣煮熟之后，才能喂猪鸡鸭鹅牛羊等动物；这需要消耗大量的人工和燃料成本。
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缺点二：豆渣虽然含蛋白高，但动物可利用的能量却很少
豆渣虽然含蛋白高，但动物可利用的能量却很少，折干的豆渣消化能约2.05兆卡/千克（或8.58兆焦/千克），但这些消化能是指存在于豆渣蛋白碳骨架中的消化能，是不能或很难利用的，其利用效率远远低于玉米粉等能量饲料中的淀粉质能量，甚至造成对动物的伤害（伤肝伤脾），大量使用豆渣造成日粮的能量蛋白不平衡，蛋白过高，能量过低，大量过剩的蛋白进入后肠，脱氨分解，造成后肠PH上升，大肠杆菌滋生，肠毒素增加，内肠细胞脱水稀释毒素，最终造成蛋白消化不良性腹泻，同时也危害到动物健康水平；所以，喂豆渣必须搭配能量饲料来喂，以平衡营养，过去传统的大喂豆渣的方法，往往造成猪毛长，肉质苍白、色泽不好，内脏器增大（豆渣蛋白过多造成的血氨浓度过大，解毒压力大等造成），缺乏维生素，生长速度慢等缺点，主要原因还是营养上的不平衡。
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缺点三：收集的豆渣往往容易变质
收集的豆渣往往容易变质，由于含水量高，极易滋生杂菌甚至有害菌，变质变味；所以，传统的养殖户，收集的豆渣必须尽快煮熟喂完；
豆腐渣发酵的好处：
①可彻底消除豆渣的三大抗营养因子，提升豆渣品质；
②可以适当平衡豆渣的能量蛋白比例，因为发酵降解了蛋白，提高了蛋白消化吸收率，并产生了小肽等免疫增强物质，蛋白自身的消化率的提高，相应减少了对能量的需求，同时，发酵分解了豆渣中的非淀粉多糖和纤维素等，产生单糖和低糖，相应增加了可消化能量值；
③发酵后的豆渣，只要密封好，几乎可以保存很长时间，不会变质。
另外：据我们了解，所有出现问题（母羊早产、流产、死胎较多）的羊场使用的都是生豆腐渣。
